Il y a un million d' histoires à Liberty City. Celle-ci change tout. Jadis, un homme sage fit ses preuves dans la "Leone crime family". Toni Cipriani a été forcé de se cacher après avoir tué un homme. Maintenant il est de retour et il est temps que les choses rentrent dans l' ordre.

Les rues de Liberty City sont dans le trouble. Les mafiosos se battent pour le contrôle en même temps que la ville commence à s'autodétruire sous les vagues de corruption politique, de crime organisé, de trafic de drogue et de grèves syndicales. Personne ne doit faire confiance en personne tandis que Toni essaye de nettoyer le désordre qu'a causé le milieu chaotique de la ville. Hommes dérangés, hommes moralement sans scrupules, et sa propre mère font obstacle à Toni pendant que celui-ci essaye de mettre la ville sous le contrôle de Leone.

Forcé à combattre pour sa vie dans une odyssée qui va secouer Liberty City à sa base. Toni doit utiliser tous les moyens nécessaires pour fixer sa place à la direction de la "Leone family".